MySQL 5.1.40 sürümünden itibaren, dosya sistemi hiyerarşisi standartlarına uyum sağlamak amacıyla, mysql yapılandırma dosyası /etc/mysql/ altına taşınmış bulunmaktadır. Ayrıca pid ve sock dosyaları da /var/run/mysqld/ altında yer almaya başladı.